Para la generación 2003-2006, la Ducati 999 suma más de 70 accesorios, con Accesorios Circuito y Carenados y piezas de fibra al frente. Mantenimiento, Calentadores de neumáticos y Personalización completan el catálogo. Los carenados de fibra con colín de asiento original, compartidos con la 749, están disponibles en varias versiones v2.
